W połowie XIV wieku kościół służył jako klasztor benedyktynów, ale szacuje się, że powstał dużo wcześniej. W okresie od XV do XVII wieku w klasztorze mieściła się szkoła braci czeskich. Po bitwie na Białej Górze obiekt dostał się w ręce kościoła katolickiego i został przebudowany w stylu barokowym. W latach 1784 - 85 tu pijarzy założyli gimnazjum i bursę, która wcześniej znajdowała się w miejscowości Kosmonosy.

Kościół został w XX wieku całkowicie zdewastowany i służył jako magazyn Powiatowej Spółdzielni Mieszkaniowej. Po rewolucji obiekt dalej niszczał aż do 2007 roku, kiedy otwarto Centrum Kształcenia Škoda Auto Na Karmeli. Firma Škoda Auto a.s. obok kościoła wybudowała swoją szkołę wyższą i w ramach projektu zrekonstruowała i otworzyła kościół św. Bonawentury. Doskonale połączyła współczesną nowoczesną architekturę z renowacją kościoła i okolicy. Obecnie kościół znów przeżywa czasy największej świetności.