Die Stadt wurde in der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts gegründet. Da die Stadt unter dem Schutz der unweit gelegenen königlichen Burg Bezděz stand, wurde sie nie mit Befestigungsmauern umgeben. Große Bedeutung für die Stadt hatte Kaiser Karl IV, der Doksy bedeutsame Privilegien verlieh und im Jahre 1367 den Großen Teich - den heutigen See Máchovo jezero - anlegen ließ.

Für den Tourismus wurde der See nach dem Jahre 1928 freigegeben, als an seinem Ufer ein Strand angelegt wurde. Im Jahre 1955 erlangte Doksy den Status einer Urlaubs- und Kurstadt. Doksy ist gemeinsam mit Staré Splavy das bekannteste und meistbesuchte Erholungszentrum Nordböhmens.